Anima Flux ist ein koop-basiertes Metroidvania-Spiel über zwei genetisch verbesserte Soldaten, Spezialagenten eines theokratischen diktatorischen Regimes. Durchsuche Horden von Mutanten in einer trostlosen, dystopischen Weltraumstadt und rette die letzte Festung der Menschheit, falls natürlich noch jemand lebt... Die einzige menschliche Stadt auf einer Weltraum-Arche wird einer organisierten Mutanteninvasion ausgesetzt. Um zu überleben, schickt das theokratische, totalitäre Regime seine besten Truppen, um die Stadt zu retten und die Bedrohung zu beseitigen.