Fünfzig Jahre nachdem der Widerstand der Roten Fraktion und ihre Marauder-Verbündeten den Mars von der brutalen Besetzung der Earth Defense Force befreit hatten, taucht die Bedrohung der Harmonie auf dem Roten Planeten wieder auf. Diesmal ist die feindliche Macht eine tödliche Kreatur, die von Geheimnissen umhüllt ist. Als ein riesiger Terraformer, der dem Mars eine Atmosphäre und ein Klima ähnlich der Erde liefert, zerstört wird, erschüttert Chaos den Planeten – mächtige Tornados und Stürme wüten. Um zu überleben, fliehen die Kolonisten in unterirdische Minen und bauen ein Netzwerk habitabler Höhlen.