Under Night In-Birth Exe: Late ist ein temporeiches 2D-Kampfspiel in einer Fantasy- und Light-Novel-Atmosphäre, angesiedelt in der geheimnisvollen Welt von Hollow Night. Die Geschichte dreht sich um die Night Blade-Organisation, die seit Jahrhunderten während der Nacht der Leere das Gleichgewicht bewacht. Night Blades Prinzessin Linne trifft einen Jungen, Hyde, den Besitzer des legendären Schicksalsschwertes, nach dem sie schon lange gesucht hat. In Hollow Night ernähren sich Monster namens Voids von der dort manifestierten Kraft, während In-births sie für ihre eigenen Zwecke nutzen können. Während die Zahlen beider Fraktionen in die Höhe schnellen, gerät Linne auf die Spur einer Verschwörung einer mysteriösen Figur namens Paradox. Hinter diesem Spitznamen steht Hilda, die Anführerin der dunklen Organisation Amnesia. Der Kampf um das Chaos, das die ganze Welt bedroht, zu stoppen, beginnt.