Kyon ist ein normaler Oberschüler, der eigentlich nicht an Übersinnliches glaubt. Umso überraschter ist er, als seine hübsche Mitschülerin Haruhi vor der ganzen Klasse erklärt, sie habe keinerlei Interesse an 'normalen Menschen', sondern nur an Zeitreisenden, Außerirdischen und ähnlichen Abnormitäten. Neugierig geworden, freundet sich Kyon mit Haruhi an und findet sich kurz darauf als Mitglied in ihrem Club, der SOS-Brigade, zur Ergründung übernatürlicher Phänomene wieder. Zusammen mit Haruhi und den anderen etwas schrägen Clubmitgliedern erlebt Kyon von jetzt an die aberwitzigsten Dinge...