Pięćdziesiąt lat po tym, jak ruch oporu Czerwonej Frakcji i ich sprzymierzeńcy z Maraudera uwolnili Mars spod brutalnej okupacji Sił Obrony Ziemi, ponownie pojawia się zagrożenie zagrażające harmonii na Czerwonej Planecie. Tym razem nieprzyjacielską siłą jest śmiercionośna istota owiana tajemnicą. Kiedy zostaje zniszczony gigantyczny terraformer, zapewniający Marsowi atmosferę i klimat podobne do ziemskich, chaos ogarnia planetę – szaleją potężne tornada i burze. Aby przetrwać, Koloniści uciekają do podziemnych kopalni i budują sieć nadających się do mieszkania jaskiń.