Winnie's Hole to nietypowa gra strategiczna z elementami roguelike, w której wcielasz się w wirusa rozwijającego się wewnątrz swojego gospodarza – Puchatka. Twoim celem jest przejmowanie kolejnych komórek, mutowanie i stopniowe zwiększanie kontroli nad organizmem, aż do osiągnięcia pełni potencjału biologicznej dominacji. Rozgrywka toczy się na poziomie komórkowym, gdzie eksplorujesz proceduralnie generowane wnętrza ciała gospodarza. Umieszczasz klocki wirusa o różnych kształtach i właściwościach, aby rozprzestrzeniać infekcję, aktywować nowe zdolności oraz zdobywać potężne efekty pasywne. Każda rozgrywka pozwala odblokowywać nowe mutacje, atuty i szczepy wirusa, co sprawia, że każda próba jest inna i oferuje nowe możliwości rozwoju.