Fabuła »Diuna: Proroctwo« rozgrywa się w szeroko rozgałęzionym uniwersum serii powieści »Diuna« autorstwa uznanego autora Franka Herberta. Skupia się na dwóch siostrach z rodziny Harkonnenów, które walczą z zagrożeniem dla przyszłości ludzkości na 10 000 lat przed objęciem władzy przez Paula Atrydesa. W tym czasie założyły tajemniczą siostrzeństwo, które później przeszło do historii pod nazwą Bene Gesserit.