Nanking 1937: Inwazja japońskich wojsk pogrąża stolicę Chin w chaosie i ruinie. Grupa uczennic może dotrzeć do stosunkowo bezpiecznych murów katedry w Winchesterze, gdzie dziewczyny ukrywają się w piwnicy. Amerykanin John Miller również szuka schronienia w katedrze. 13 prostytutek z pobliskiego burdelu również ucieka do kościoła. Gdy Japończycy szturmują dom, uczennice unikają gwałtu tylko dzięki odważnej interwencji Millera. Miller, który początkowo interesuje się jedynie winem i zasobami pieniędzy klasztoru, coraz bardziej staje się opiekunem. Jednak gdy uczennice zostają przydzielone do "przesłuchania" na japońską imprezę, tylko podstęp może uratować ich życie. Zamiast dziewczyn, prostytutki, przebrane w mundurki szkolne, idą na pewną śmierć. Na podstawie powieści Yang Gelinga "13 kwiatów Nankinu" reżyser przenosi na ekran tragiczny rozdział chińskiej historii poprzez masakrę w Nankinie.