Kyon to zwykły licealista, który tak naprawdę nie wierzy w zjawiska nadprzyrodzone. Tym bardziej zaskoczy go, gdy jego ładna koleżanka z klasy Haruhi oświadcza przed całą klasą, że nie interesują ją "normalni ludzie", a jedynie podróżnicy w czasie, obcy i podobne anomalie. Zaciekawiony Kyon zaprzyjaźnia się z Haruhi i wkrótce potem zostaje członkiem jej klubu, Brygady SOS, by badać zjawiska nadprzyrodzone. Razem z Haruhi i innymi nieco dziwnymi członkami klubu, Kyon doświadcza od teraz najbardziej absurdalnych rzeczy...